- Khi viết Đại Nam Nhất Thống Chí, không thể không viết lịch sử chùa/viện Thiền Lâm và cũng không thể không nhắc đến người tạo lập nên chùa nên phải nhắc đến Thạch Liêm một cách không chắc chắn “tương truyền do HT Thạch Liêm dựng nên” (chùa chứ không phải viện);

- Những bia biển có liên quan đến chùa Thiền Lâm tại nơi tọa lạc của chùa Thiền Lâm ở ấp Bình An xã Dương Xuân đều bị mài, đục, xóa hết chữ, chôn sâu xuống đất;

- ĐNNTC soạn thời Tự Đức viết lịch sử chùa Thiền Lâm ở ấp Bình An xã Dương Xuân nhưng không khắc in, đến thời Thành Thái Duy Tân dùng bản thảo thời Tự Đức chuyển địa điểm tọa lạc của chùa Thiền Lâm từ ấp Bình An xã Dương Xuân qua (một nơi vu vơ) xã An Cựu.

Như vậy, toàn bộ thông tin về chùa Thiền Lâm và nơi chùa tọa lạc đều bị nhiễu, không ai biết lịch sử đích thực và nơi tọa lạc của ngôi chùa lịch sử ấy.

Vì sao nhà Nguyễn phải làm nhiễu thông tin lịch sử chùa/viện Thiền Lâm ở Huế đến như vậy?

Xin trả lời: ĐNNTC (Thời Tự Đức cũng như thời Duy Tân) viết về phủ Dương Xuân (cung điện Mùa đông của các đời chúa Nguyễn) “Tự kinh binh loạn kim thất kỳ xứ” (có nghĩa từ khi Tây Sơn chiếm Phú Xuân (1786), phủ Dương Xuân mất tích không biết ở vào chỗ nào). Phủ Dương Xuân ở gần chùa Thiền Lâm, nếu viết đúng nơi tọa lạc của chùa Thiền Lâm ở ấp Bình An xã Dương Xuân thì người ta có thể tìm được dấu tích cái phủ Dương Xuân mất tích đó ngay. Xác định được nơi tọa lạc của phủ Dương Xuân thì người ta sẽ xác định được Cung điện Đan Dương-sơn lăng của Hoàng đế Quang Trung cũng ở gần chùa Thiền Lâm như Phan Huy Ích đã báo cho biết và đã được giới thiệu từ đầu cuốn sách này. Phủ Dương Xuân là tiền thân của Cung điện Đan Dương. Muốn giấu được nơi tọa lạc của phủ Dương Xuân - Cung điện Đan Dương buộc lòng triều Nguyễn phải gây nhiễu thông tin về chùa/viện Thiền Lâm để bá tánh không biết múi mớ ở đâu mà lần. Và, nhà Nguyễn đã giấu được gần hai thế kỷ. May sao, ngoài tài liệu của nhà Nguyễn còn có tài liệu của lịch sử Phật giáo Thuận Hóa Phú Xuân, còn có Hải Ngoại Kỷ Sự của Thích Đại Sán, còn hiện trường ở gần trung tâm Thành phố, những gì chôn xuống đất dần dần được đào lên, nhưng mâu thuẫn trong tài liệu của triều Nguyễn được khám phá, lịch sử đích thực của chùa Thiền Lâm – một Thiền viện lớn nhất ở xứ Đàng trong, một thời là cung đình của nhà Tây Sơn ở Huế được phục hồi.

Chùa/viện Thiền Lâm không những là một ngôi cổ tự do các chúa Nguyễn lập nên mà còn là một di tích lịch sử văn hóa quan trọng của Việt Nam.