Trong vụ di dời mồ mã, lăng tháp dành đất làm Nam Giao Tân Lộ năm ấy, theo địa bạ ấp Bình An lập thời Thành Thái, khuôn viên tọa lạc  chùa Thiền Lâm bị cắt làm ba mảnh. Mảnh giữa làm đường, mảnh phía đông dành cho ngôi tháp có tấm bia khắc lại tên “Hòa thượng khai sơn Khắc Huyền”, mảnh phía tây xây lại một một ngôi chùa nhỏ. Mộ tháp Ngài Khắc Huyền hoàn toàn không ảnh hưởng gì đến việc đắp đường. Cho nên bia tháp bị mài dòng chữ cũ khắc lại là vì một lý do khác chứ không phải vì làm đường Nam Giao Tân lộ như trường hợp tháp mộ của Ngài Tử Dung trình bày trên. Nếu mộ tháp gốc của Ngài Khắc Huyền nằm trên phần đất làm đường nên phải dời vào vị trí hiện nay thì dòng lạc khoản bia tháp Ngài Khắc Huyền phải được khắc thêm hai chữ “cát táng”. Với tấm bia tháp Ngài Khắc Huyền còn lại ngày nay không hề thấy hai chữ “cát táng” ấy. Như vậy, tấm bia Ngài Khắc Huyền bị mài và khắc lại diễn ra hồi Thừa Thiên Cao Hoàng hậu xây dựng lại chùa Thiền Lâm. Nhưng cũng khó hiểu, chùa hư nát sập đổ thì làm lại, bia tháp của Ngài khai sơn đã viên tịch cách đó hai thế kỷ mắc chi mà đi mài bia và khắc lại? Chắc Thừa Thiên Cao Hoàng hậu không cho phép làm một việc vô lễ như thế.

Về việc bia mộ tháp Ngài Khắc Huyền bị mài và khắc lại chỉ có một cách giải thích là việc đó nằm chung trong chính sách “Tận pháp trừng trị” của nhà Nguyễn đối với việc xóa dấu tích Phủ Dương Xuân tiền thân của Cung điện Đan Dương – sơn lăng của Hoàng đế Quang Trung mà thôi [6].

Để hiểu vấn đề này thấu đáo hơn, tôi xin dẫn một số thông tin lịch sử ít được đề cập đến như sau: