Căn cứ nội dung được khắc trên bia mộ và long vị thờ ở bàn thờ tổ chùa Thiền Lâm mà có lời bình như vậy. Sự thực, những nội dung khắc trên bia mộ tháp và long vị đã đủ độ tin cậy chưa? Tôi chưa yên tâm. Bởi vì:

- Thông thường long vị được khắc ngay sau khi các vị Hòa thượng viên tịch. Theo nhiều tài liệu thì Hòa thượng Khắc Huyền viên tịch năm 1706, mà long vị thờ Ngài thì quá mới nên không có mấy giá trị lịch sử;

- Dòng chữ chính giữa bia tháp khắc: “Sắc tứ động thượng chính tông khai sơn Thiền Lâm viện Khắc Huyền Lão tổ Hòa thượng chi tháp” không phải dòng chữ khắc gốc mà là dòng chữ khắc lại trên mặt bia đá đã bị mài dòng chữ cũ. Dòng chữ cũ là gì? Vì sao mài nhẵn rồi khắc lại? Khắc lại từ khi nào?

Qua nghiên cứu, được biết chùa Thiền Lâm đã trải qua hai biến động lớn.

- Biến động thứ nhất diễn ra sau ngày Nguyễn Ánh lên ngôi lấy niên hiệu Gia Long (1802), chùa Thiền Lâm gốc được Thừa Thiên Cao Hoàng hậu bỏ tiền trùng tu;

- Biến động thứ hai: Vào khoảng đầu đời Thành Thái, người Pháp được sự đồng ý của Nam triều đã xẻ một con đường từ bờ sông Lợi Nông (cũng thường gọi là An Cựu) lên thẳng tới Đàn Nam Giao ngang qua 3 ấp Trường Giang, Trưởng Cởi và Bình An. Con đường nầy lúc đầu mang tên là Nam Giao Tân Lộ. Công trình kéo dài gần 10 năm (1889-1898) do kỹ sư cầu đường người Pháp tên là Sali thực hiện. Để dành đất mở con đường quan trọng này, nhiều mồ mã của dân và lăng tháp của các chùa phải di dời đi nơi khác. Hiện nay, trong vòng thành vuông ở hướng đông nam vườn chùa Báo Quốc, có một nhóm 5 ngôi tháp đã được cải táng đến đây. Việc cải táng được khắc bia rõ ràng. Ví dụ bia ngôi tháp của Ngài Minh Hoằng Tử Dung – hòa thượng khai sơn chúa Ấn Tôn (Từ Đàm) đã được khắc lại với lạc khoản “Thành Thái cửu niên tuế thứ Đinh Dậu chánh nguyệt thập bát nhật cát táng” (nhằm ngày 29 tháng 2 (nhuận) năm 1897) “chư quan sơn tự kính phụng lập”.