Cho đến nay, chưa tìm được tài liệu để có thể biết chính xác chùa Thiền Lâm được ra đời vào tháng năm nào hồi cuối thế kỷ XVII. Đến năm 1695 (năm Hòa thượng Thạch Liêm đến Thiền Lâm) thì chùa Thiền Lâm chỉ là một ngôi chùa rất nhỏ như đã dẫn trên. Và cũng từ năm 1695, mọi việc diễn ra ở chùa Thiền Lâm đều do Hòa thượng Quả Hoằng – quốc sư của chúa Nguyễn Phúc Chu - điều khiển. Tất cả các Phật sự ở chùa Thiền Lâm được ghi chép trong Hải Ngoại Kỷ Sự đều không thấy bóng dáng tên tuổi nào của Hòa thượng Khắc Huyền cả. Như thế, ta có thể tin là Hòa thượng Khắc Huyền khai sơn và trú trì chùa Thiền Lâm cho đến trước năm 1695 – năm Hòa thượng Thạch Liêm đến chùa Thiền Lâm mà thôi. Do đó bia khắc: Khắc Huyền Lão Tổ Hòa Thượng khai sơn Thiền Lâm viện là sai. Một cái chùa “chật hẹp chẳng đủ chỗ chứa 10 người” làm sao có thể gọi là viện được! Dựng lên Thiền Lâm Viện là Thạch Liêm Thích Đại Sán mới đúng chứ!

Hiện tại, long vị Hòa thượng Khắc Huyền thờ tại bàn thờ tổ (Ảnh H.24a-H.24b) sau chánh điện chùa Thiền Lâm khắc:

“Tào động chánh tông khai sơn Thiền Lâm tự húy Như Tư thượng Khắc hạ Huyền đại lão Hòa thượng chi giác linh”.

Có lẽ các vị trú trì chùa Thiền Lâm về sau thấy bia mộ tháp khắc Thiền Lâm viện sai nên sửa lại trong long vị là Thiền Lâm Tự chăng?

 H.24a-H24b. Khám thờ tổ chùa Thiền Lâm: Long vị thứ 3 (giữa, hàng sau) khắc: “Tào động chánh tông Khai sơn Thiền Lâm tự húy Như Tư thượng Khắc hạ Huyền đại lão Hòa thượng chi giác linh”.