Cho đến năm Nguyễn Huệ/Quang Trung đánh chiếm Thuận Hóa Phú Xuân (1786), chùa/Thiền viện Thiền Lâm đã có trên 90 tuổi (1695-1786). Lăng mộ vua Quang Trung trong Cung điện Đan Dương - như Chương Một đã dẫn chứng - ở gần chùa Thiền Lâm. Thời vua Quang Trung ngự ở Cung điện Đan Dương chắc chắn cơ sở to lớn của chùa Thiền Lâm[8] đã được trưng dụng phục vụ cho Cung điện Đan Dương. Sau khi vua Quang Trung qua đời, Cung điện Đan Dương trở thành điện thờ vua Quang Trung, Thái sư Bùi Đắc Tuyên không thể sử dụng Cung điện Đan Dương nên mới chiếm chùa Thiền Lâm làm dinh của mình. Như vậy chùa Thiền Lâm không những là Cung đình đầu triều Quang Toản/Cảnh Thịnh mà trước đó đã thuộc cung đình thời vua Quang Trung. Như vậy ta có thể hiểu, chùa Thiền Lâm thuộc cung đình Triều Quang Trung-Quang Toản ở Huế. Hay cũng có thể viết “chùa Thiền Lâm thuộc cung đình thời Tây Sơn ở Huế”.

Chùa Thiền Lâm bị trưng dụng phụ thuộc cung đình triều Nguyễn Huệ/Quang Trung/Quang Toản có thể bắt đầu từ năm Nguyễn Huệ làm chủ Thuận Hóa Phú Xuân năm 1786 và chấm dứt vào năm 1795 khi Thái sư Bùi Đắc Tuyên bị nội bộ triều Quang Toản hạ sát. Chùa Thiền Lâm được sử dụng làm cung đình triều Quang Trung - Quang Toản trong chín năm (1785-1795).