Nhà nghiên cứu Nguyễn Đắc Xuân, trên cơ sở thu thập các loại tư liệu, đã phác họa lịch sử chùa Thiền Lâm từ khi là một ngôi chùa nhỏ trước năm 1695, rồi được chúa Nguyễn Phúc Chu cho xây dựng lại qui mô lớn khi đón Hòa thượng Thạch Liêm Thích Đại Sán vào năm 1695. Chùa Thiền Lâm một thời là Thiền viện lớn nhất của xứ Đàng Trong.
Tôi đánh giá cao kết quả phát hiện và nghiên cứu chùa Thiền Lâm của nhà nghiên cứu Nguyễn Đắc Xuân vì chính ngôi chùa này là chỉ giới quan trọng và đáng tin cậy nhất để đi tìm cung Đan Dương, vừa là chính điện, vừa là lăng tẩm của Hoàng đế Quang Trung. Về mặt này, chúng ta có một số tư liệu của những nhận vật lịch sử giữ vai trò cận thần thân tín của Quang Trung, đã từng sống trong khoảng thời gian Quang Trung mất và xây dựng lăng tẩm vào năm 1792. Đó là Tình Phái hầu Ngô Thì Nhậm (1746-1803) đang giữ chức Thượng thư Bộ Binh và Thụy Nham hầu Phan Huy Ích (1751-1822) đang giữ chức Nội các Thị trung ngự sử của triều đình Quang Trung.
Trong một số bài thơ, Ngô Thì Nhậm nói đến Đan Dương, lăng Đan Dương, Thái Tổ miếu và chùa Thiền Lâm ở bên hữu sông Hương, Quốc cựu Hưng quốc công Bùi Đắc Tuyên đã từng chiếm làm nhà riêng.
Phan Huy Ích trong một số bài thơ, cho biết chùa Thiền Lâm ở nam sông Hương, xã Dương Xuân và Thái sư Bùi Đắc Tuyên chiếm làm nhà. Đặc biệt trong bài Xuân để kỷ sự (Mùa xuân ở công quán ghi việc), tác giả có lời dẫn nói rõ, khi Thái sư ở chùa Thiền Lâm, nha thuộc cũng theo đến ở trong chùa và Phan Huy Ích về kinh làm việc cũng ở nhà trọ gần chùa. Một lời chú của bài thơ còn cho biết thêm, Thái sư có thói quen làm việc ban đêm, cứ ban đêm thường ra ngoài tòa làm việc, đến canh tư mới về. Như vậy tòa điện mà Thái sư làm việc rất gần chùa Thiền Lâm và tòa điện của Thái sư dĩ nhiên nằm trong khu cung cấm của triều đình. Kinh đô Phú Xuân thời chúa Nguyễn trước Tây Sơn có Phủ chính là đô thành nằm phía bắc sông Hương (trong kinh thành Huế thời nhà Nguyễn) và Phủ trên xây dựng trên gò Dương Xuân, trong đó có cung điện Mùa đông để chúa ở và làm việc trong mùa đông, mùa mưa ngập nước. Quang Trung và Quang Toản đều sử dụng phủ Dương Xuân này. Xác định được chùa Thiền Lâm là cơ sở để tìm khu cung điện của phủ Dương Xuân trong đó có cung điện Mùa đông của chúa Nguyễn, cung Đan Dương của Quang Trung.
Trong bài thơ Thu trung vô nguyệt, tùy trung ngẫu đắc tam tuyệt (Tết trung thu không có trăng, rượu say ngẫu nhiên làm ba bài thơ tứ tuyệt) làm ở chùa Thiền Lâm, trong đó bài thứ ba có một lời chú quan trọng là ban ngày bọn tiểu giám giữ lăng thường đến hầu rượu. Tiểu giám giữ lăng gần chùa Thiền Lâm chắc phải là lăng Hoàng đế Quang Trung. Vậy cung Đan Dương, lăng Đan Dương đều nằm gần chùa Thiền Lâm. Đan Dương là mặt trời đỏ rất phù hợp với màu sắc Quang Trung Nguyễn Huệ rất ưa chuộng. Từ khi khởi nghĩa, quân Tây Sơn đã dùng cờ màu đỏ, điều được ghi nhận qua những tư liệu của các giáo sĩ phương Tây có mặt ở Đàng Trong lúc đó. Quân đội của Quang Trung cũng dùng cờ màu đỏ và đội mũ màu đỏ, điều này được ghi chép trong Hoàng Lê nhất thống chí và nhiều tư liệu của ta. Chính điện và lăng mộ cùng mang tên Đan Dương chứng tỏ sau khi từ trần, Quang Trung được mai táng ngay tại cung điện của mình. Điều đó rất phù hợp với tình thế Quang Trung mất đột ngột trong lúc thế lực Nguyễn Ánh xây dựng ở Gia Định đã phát triển mạnh, bắt đầu đánh ra khu vực Nguyễn Nhạc và trở thành mối đe dọa nguy hiểm nhất cho vương triều Tây Sơn mà Quang Trung trong lợi căn dặn cho cận thần gọi là “quốc thù”. Quang Trung dặn việc mai táng phải làm gọn gàng, lo sớm dời đô ra Phương Hoàng Trung đô ở Nghệ An để đối phó với Nguyễn Ánh. Các cận thần đã giữ kín tin Quang Trung từ trần trong hai tháng. Trong tình thế như vậy thì việc mai táng phải tiến hành bí mật và mai táng ngay trong cung điện của nhà vua.
