Có một tòa phương trượng mới, với đầy đủ pháp khí kinh tượng đem từ Quảng Đông qua, Hòa thượng Thạch Liêm đã tổ chức một giới đàn lớn chưa từng có ở xứ Đàng Trong. Giới đàn có đến ba ngàn giới tử trong đó số giới tử xuất gia lên tới 1.400 vị vừa tỳ- kheo vừa sa-di.

Trong giới đàn này, giới điệp cấp phát cho giới tử đều có đóng kèm ấn của Phủ Chúa.

 Chùa Thiền Lâm phát triển thành “viện” vào năm 1695 là năm Hòa Thượng Thạch Liêm mở Đại giới đàn ở đây.

Tăng đoàn của hòa thượng Thích Đại Sán hoằng pháp ở chùa Thiền Lâm 3 tháng. Cuối tháng 6, đoàn vào Hội An. Nhưng bị gió ngược và sức khỏe của Hòa thượng, đoàn không về Quảng Đông được. Biết thế  Chúa Nguyễn Phúc Chu cho triệt giải một số hạn mục mới cất ở chùa Thiền Lâm đem lên dựng ở chùa Thiên Mụ làm liêu xá và cho người vào Hội An vời Hòa thượng về Thuận Hóa an dưỡng. Tháng 10 năm Ất Hợi Hòa thượng Đại Sán ra đến chùa Thiên Mụ.   

Từ đó chúa Nguyễn Phúc Chu thường trú tại chùa Thiên Mụ. (Để được tiếp tục gần gũi Hòa thượng Đại Sán chăng?) Và, cũng từ đó  Chúa rất quan tâm đến chùa Thiên Mụ, Phật sự ở chùa Thiền Lâm không mấy khi được tổ chức nữa.

  Mãi đến mùa hạ năm Nhâm Thìn (1712), chư tăng cả hai đạo Thuận Hóa và Quảng Nam vân tập về Thiền Lâm để mở trường hạ và thỉnh ngài Minh Hoằng Tử Dung (chùa Ấn Tôn, sau nầy là chùa Từ Đàm) đến làm thiền chủ, coi sóc, làm lễ vào hạ và sách tấn toàn viện [1] . (Tên gọi Thiền Lâm viện được gọi chính thức trong sự kiện nầy). Biết được thông tin đó qua tấm bia tháp ngài Liễu Quán có khắc câu:

“Nhâm Thìn hạ, sư lai quảng tấn toàn viện”.

Bốn năm sau lễ vào hạ năm Nhâm Thìn (1712), không rõ nhân Phật sự gì diễn ra mà viện Thiền Lâm cho đúc một cổ chuông đồng lớn đề năm Vĩnh-Thạnh 12 (1716)[2].

Từ đó cho đến hết đời chúa Nguyễn Phúc Chu (1725), rồi Nguyễn Phúc Chú (1725 -1738), không thấy sử liệu nào ghi chép về các Phật sự hay việc trùng tu chùa. Đến đời chúa Võ Vương Nguyễn Phúc Hoạt (1739-1765) mới tìm được hai thông tin: