Thiền Lâm là ngôi chùa cổ thứ hai ra đời sau chùa Thiên Mụ, cùng thời hoặc trước và sau không bao lâu so với các chùa Quốc Ân, Ấn Tôn (Từ Đàm), Báo Quốc, Kim Tiên vào cuối Thế kỷ XVII ở Thuận Hóa Phú Xuân. Chùa Thiền Lâm thuộc hệ phái Tào Động. Cho đến nay, các nhà nghiên cứu đều cho rằng chùa do hòa thượng Khắc Huyền hiệu Như Tư khai sơn dưới đời các chúa Nguyễn.
H.1. Bảo Đại năm thứ 11, Sắc tứ Thiền Lâm Tự
Chùa được truyền thừa đến nay trên dưới 20 đời. Thông tin có liên quan đến lịch sử chùa Thiền Lâm xưa có Phan Huy Ích, Ngô Thì Nhậm, Quốc sử quán triều Nguyễn với Đại Nam Nhất Thống Chí đời Tự Đức, Đại Nam Nhất Thống Chí đời Duy Tân, ngoại quốc có Thích Đại Sán, nay có Tỳ-kheo Thích Hải Ấn, Cư sĩ Hà Xuân Liêm, NNC Trần Đại Vinh, NNC Nguyễn Hữu Thông, NNC Lê Văn Sách, NNC Phạm Thanh Tùng và đặc biệt Tỳ-kheo Thích Chơn Trí – trú trì Thiền Lâm hiện nay. Tuy nhiên, qua hầu như tất cả những bài nghiên cứu lịch sử chùa Thiền Lâm cũng như trên thực địa bia biển, tháp mộ chùa Thiền Lâm tại 150 Điện Biên Phủ ngày nay đều lưu dấu bí ẩn này, điều khó hiểu nọ nhưng ít có người tìm hiểu lý giải cho thấu đáo. Do đó cho đến nay chưa có một bài, một công trình nghiên cứu lịch sử chùa Thiền Lâm nào khả dĩ đúng với tầm vóc lịch sử của chùa Thiền Lâm. Tôi không chuyên nghiên cứu các chùa Phật ở Thuận Hóa Phú Xuân, nhưng vì theo đuổi đề tài Cung điện Đan Dương – sơn lăng của Hoàng đế Quang Trung, di tích này liên quan qua lại với chùa Thiền Lâm nên không thể không nghiên cứu ngôi chùa lịch sử này. Hơn 35 năm qua, khóc cười với công trình Cung điện Đan Dương, tôi đã giải mã được phần nào những bí ẩn chồng chất trong lịch sử chùa Thiền Lâm.
Lịch sử chùa Thiền Lâm giới thiệu dưới đây được soạn thảo trong hoàn cảnh mới ấy.