Triều Nguyễn của vua Gia Long kết tội “giặc” Quang Trung rằng:

惠 殘 虐 無 道 其 初 據 都 城 也 列 聖 諸 陵 皆 犯 之 [1]

(Huệ tàn ngược vô đạo, kỳ sơ cứ Đô Thành dã, liệt thánh chư tôn lăng giai phạm chi).

(Vua Quang Trung) Nguyễn Huệ tàn ngược vô đạo, lúc đầu chiếm cứ Đô Thành (Phú Xuân) các tôn lăng của liệt thánh (các Chúa Nguyễn) đều bị xâm phạm.  (Chữ trong ngoặt của người dịch).

Hầu hết các lăng mộ của các chúa Nguyễn đều bị đào bởi đổ bỏ. Trong số những lăng mộ bị vi phạm đó có lăng mộ của Nguyễn Phúc Côn - thân phụ của Nguyễn Ánh. Năm 1790, Tây Sơn quật mộ Nguyễn Phúc Côn, lấy hài cốt đổ xuống sông.  

Sau 4 tháng trở lại Phú Xuân, Nguyễn Ánh cho trùng tu lăng mộ thân phụ. Đại Nam Thực Lục Đệ nhất kỷ ghi lại sự kiện ấy như sau:

(Tân Dậu 1891), Tháng 9, ngày Ất Hợi, sửa lại sơn lăng. Trước kia giặc Tây Sơn Nguyễn Văn Huệ tham bạo vô lễ, nghe nói chỗ đất phía sau lăng Kim Ngọc (tức lăng Trường Mậu) [2] rất tốt, định đem hài cốt vợ táng ở đó. Hôm đào huyệt, bỗng có hai con cọp ở bụi rậm nhảy ra, gầm thét vồ cắn, quân giặc sợ chạy. Huệ ghét không muốn chôn nữa. Sau Huệ đánh trận hay thua, người ta đều nói các lăng liệt thánh khí tốt nghi ngút, nghiệp đế tất dấy. Huệ bực tức, sai đồ đảng đào các lăng, mở lấy hài cốt quăng xuống vực. Lăng Hoàng Khảo ở Cư Hóa (tên xã, tức là Lăng Cơ Thánh), [3] Huệ cũng sai đô đốc Nguyễn Văn Ngũ đào vứt hài cốt xuống vực ở trước lăng. Nhà Ngũ ở xã Kim Long bỗng phát hỏa, Ngũ trông thấy ngọn lửa chạy về. Người xã Cư Hóa là Nguyễn Ngọc Huyên cùng với con là Ngọc Hồ, Ngọc Đoài ban đêm lặn xuống nước lấy vụng hài cốt ấy đem giấu một nơi. Đến nay Huyên đem việc tâu lên. Vua thương xót vô cùng, thân đến xem chỗ ấy, thì vực đã bồi cát mấy chục trượng. Tức thì sai chọn ngày lành làm lễ cáo và an táng lại. Các lăng đều theo nền cũ mà xây cao lên. Ngày kỷ Hợi, vua thân đến tế cáo, nghẹn ngào sa lệ, bầy tôi đều khóc cả. Sai đổi xã Cư Hóa làm xã Cư Chính [4], cho dân miễn giao dịch làm hộ lăng. Cho Huyên làm Cai đội (năm Minh Mệnh thứ 11, phong An Ninh bá, lập đền thờ bên núi Cư Chính), con là Ngọc Hồ, Ngọc Đoài tòng quân ở Bình Định cũng được gọi về hậu thưởng cho” [5].

Tôn lăng của thân phụ bị đào bới, hai anh ruột Nguyễn Phúc Hạo, Nguyễn Phúc Đồng và hai em ruột Nguyễn Phúc Mân, Nguyễn Phúc Thiền đều bị bắt, bị giết hay chết trận. Chú ruột Định Vương Nguyễn Phúc Thuần, con của anh ruột là Tân Chính Vương Nguyễn Phúc Dương đều bị bắt giết [6]. Cuộc chiến với Tây Sơn gây nên một mối hận trong lòng Nguyễn Ánh và dòng họ Nguyễn quá sâu sắc. Việc Nguyễn Ánh sau nầy trả thù Tây Sơn như một bổn phận, một trách nhiệm đối với tổ tiên. Nhưng trả thù với chủ trương “tận pháp trừng trị” của nhà Nguyễn đã để lại trong lịch sử thì cả Đông, Tây đều không đồng tình.